Dalam penelitian yang melibatkan mikroorganisme seperti bakteri banyak dilakukan di berbagai bidang seperti kesehatan, kedokteran, biologi, kimia, serta ilmu partikel lain. Menghitung jumlah koloni bakteri secara manual adalah salah satu langkah penting dalam pengujian mikrobiologi. Tahapan ini sangat memakan waktu, kurang presisi dan tidak padat-karya. Kami mencoba untuk mengembangkan sistem yang secara otomatis dapat menghitung jumlah koloni bakteri menggunakan pengolahan citra digital. Dengan menggunakan berbagai metode dalam image analysis seperti Gaussian-Otsu threshold, Bottomhat Transform. Metode yang diusulkan dapat menghasilkan perhitungan lebih cepat, tepat, dan mudah untuk menghitung jumlah koloni bakteri. Dengan tingkat f-measure hingga 93.024% sistem ini telah mampu berjalan hanya dengan rata-rata running time 15 detik. Selain itu, sistem ini telah dikembangkan secara embed-ready, sehingga dapat ditanam pada minikomputer. Nantinya semoga sistem ini dapat menjadi terobosan baru dalam dunia mikrobiologi.