Kapas merupakan salah satu komoditi utama unggulan di Indonesia. Kebutuhan pasar akan bahan dasar industri tekstil ini semakin tinggi setiap tahunnya. Kualitas kapas yang baik tentu berasal dari penanam dan perawatan yang baik, bebas dari hama dan penyakit. Identifikasi hama dan penyakit pada tanaman kapas sangat penting dikarenakan dengan identifikasi dini, hama dan penyakit tanaman kapas dapat ditangani dengan tepat. Implementasi teknologi informasi yang sesuai yaitu sistem pakar identifiksi hama dan penyakit tanaman kapas yang dapat memberikan identifikasi terhadap hama atau penyakit tanaman kapas. Perancangan perangkat lunak terdiri dari kebutuhan perangkat lunak yang terdiri dari daftar kebutuhan, Data Flow Diagram (DFD), Entity Relationship Diagram (ERD), dan Flowchart. Sistem ini menggunakan bahasa pemograman PHP framework CodeIgniter dengan database MYSQL dan dengan metode Certainty Factor. Hasil pengujian menunjukkan bahwa metode certainty factor bekerja dengan baik dan menunjukkan tingkat akurasi mencapai 90%. Pengujian fungsional menunjukkan bahwa keseluruahan fungsional dari sistem bekerja dengan baik.