PENCARIAN MOTIF SEKUENS DNA DENGAN ALGORITMA PREFIXSPAN UNTUK DIAGNOSA PENYAKIT KANKER PAYUDARA

Repositori Jurnal Mahasiswa PTIIK UB
© 2014 by Doro Jurnal
Volume 3 - Number 10
Year of Publication: 2014
Ilham Yuliantoro, Lailil Muflikhah dan Widodo, S.Si, M.Si, Ph.D Med Sc
Download Article

 


Abstract

Di negara maju kanker menjadi penyebab kematian kedua setelah penyakit jantung. Salah satu jenis kanker yang sering mengakibatkan kematian adalah kanker payudara. Menurut WHO, pada tahun 2000 diperkirakan 1,2 juta wanita terdiagnosis kanker payudara dan lebih dari 700,000 meninggal karenanya. Salah satu algoritma yang mampu digunakana dalam diagnosa penyakit kanker payudara dalam proses pecarian motif sekuens DNA adalah prefixspan yang merupakan algoritma yang tergolong dalam Sequential Pattern Mining. Prefix-Projected Sequential Pattern Growth (PrefixSpan) adalah algoritma yang memakai pendekatan pengembangan sequence untuk mencari sequential pattern. PrefixSpan akan mencari frequent sequence satu elemen dan kemudian mengembangkan sequence-sequence tersebut dengan cara menambahkan elemen satu persatu. Dalam penelitian ini digunakan  Exon ke-7 dari 20 gen DNA TP 53 penderita kanker payudara. Uji coba pengaruh minimum support dilakukan dengan melakukan pengujian minimum support dari 2, 4, 6, 8, 10, dan 12 untuk dilakukan pengamatan terhadap nilai lift rasio dari motif yang dihasilkan.  Hasil Ujicoba yang dilakukan menunjukkan pengaruh bahwa semakin besar minimum support maka berdampak kurang baik terhadap motif yang dihasilkan. Namun secara keseluruhan akurasi motif yang dihasilkan mencapai 100%. Hal ini menunjukkan algoritma prefixspan mampu dan baik dalam melakukan pencarian motif sekuens DNA untuk deteksi penyakit kanker payudara.

Keywords

Sequential Patern Mining, Prefixspan, Kanker Payudara, Sekuens DNA