Kedelai merupakan salah satu komoditas yang mempunyai fungsi multiguna dan merupakan sumber utama protein dan minyak nabati dunia. Berbagai serangan penyakit dan hama dapat menimbulkan masalah yang serius. Terdapat 19 jenis penyakit yang dapat menyerang tanaman kedelai. Beberapa serangan hama dan penyakit dapat menampilkan gejala yang sama. Metode Modified K-Nearest Neighbour diimplementasikan untuk klasifikasi penyakit tanaman kedelai dengan menggunakan data morfologi tanaman kedelai sebagai variabel. Pada penelitian ini dibuat sebuah aplikasi pengklasifikasi berbasis desktop dengan mengimplementasikan algoritma Modified K-Nearest Neighbour yang dimaksudkan untuk memudahkan dalam mengkasifikasikan penyakit tanaman kedelai. Terdapat 34 variabel pada data morfologi tanaman kedelai untuk setiap jenis penyakit. Implementasi menggunakan bahasa pemrograman C#. Pengujian dilakukan dengan mengubah nilai k, untuk mengetahui pengaruh jumlah tetangga terhadap akurasi algoritma MKNN. Tingkat akurasi tertinggi dari sistem klasifikasi penyakit tanaman kedelai dengan menggunakan algoritma Modified K-Nearest Neighbour dengan menggunakan 300 data latih adalah sebesar 92.74%, dengan nilai k=3..