Indonesia merupakan negara hutan hujan tropis yang memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi dan dikenal sebagai salah satu Megabiodiversity Country.Pulau Sumatera salah satu pulau di Indonesia yang dapat menjadi gambaran kekayaan daerah tropis di Asia. Hal tersebut bisa dilihat dari flora dan fauna yang ada di pulau ini, yaitu satu diantaranya adalah badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis). Kendala yang sering ditemukan dalam proses pengelompokan badak Sumatera yaitu sulitnya menentukan jenis badak. Hal ini dikarenakan sulitnya menemukan data DNA badak yang hampir punah. Pada penelitian ini akan diangkat suatu kasus yaitu sistem implementasi algoritma Pro-Kmeans dalam pengelompokan badak Sumatera. Algoritma Pro-Kmeans dapat mengelompokkan (segmentasi) data yang mempunyai atribut dan mempunyai jumlah data yang sesuai dengan jenis badak sumatera, sehingga dapat dimanfaatkan dalam sistem pengelompokan badak Sumatera. Berdasarkan hasil analisis terhadap algoritma Pro-Kmeans untuk sistem pengelompokan badak Sumatera, maka kesimpulan yang dapat diambil adalah algoritma Pro-Kmeans tepat untuk mengelompokan badak Sumatera berdasarkan data nilai uji akurasi yang kecil.